Смысл такого разделения был в том, что можно переустанавливать систему, не беспокоясь о данных. Кроме того, если системный диск повредится, данные затронуты не будут.
Практика показала, что этот подход ошибочен, по крайней мере для меня. Сейчас у меня на всех моих компьютерах используется эта стратегия. Никаких преимуществ я от неё не получаю, потому что система у меня живёт долго, по пять и более лет. Когда же дело доходит до переустановки, то это чаще всего делается одновременно с переходом на другой накопитель, поэтому, опять-таки, данные не страдают.
Какая же у меня основная проблема? Большое число установленных программ (по работе) или игр (дома). Бинарники со временем перестают влезать в свой раздел. Тогда у меня появляется папка D:\Program Files. Но не все программы до сих пор успешно работают, если установлены не на системный диск. А некоторые программы ставятся в програм файлз лишь частично. В общем, сплошной геморрой.
С другой стороны, часть данных всё равно оседает в Моих документах, Моих рисунках, на Рабочем столе и т.д. Поэтому при переустановках я всё равно забираю часть папок с системного диска. Так что в этом смысле облегчения я тоже не получаю.
Есть одно частичное решение -- у GPT-дисков можно менять размер "на лету", а у не-GPT-дисков -- при помощи Акрониса. Но это всё очень страшные операции, которые проводить на живых данных нежелательно. Делать же полный бэкап (куда?) -- долго и нудно.
Короче говоря, все пути ведут к страданиям.
С основным десктопом я ничего не сделаю, потому что там SSD под систему, и там разбивка принудительная, а вот на других своих компах при следующей переустановке попробую монолитные диски, с одним разделом под всё. А данные могут быть выделены просто при помощи папки. Папка -- гораздо более гибкий инструмент в этом смысле.