Сацу? 二冊のプログラムを作った。 Если считать её книгой.
А может быть, 枚 (май)? Можно ли считать программу чем-то квадратным и плоским?
А может быть, программа длинная и круглая, как верёвка? В памяти же подряд расположена! (не всегда) Тогда 本.
ZUN для счёта своих игр использует суффикс 弾 -- пуля. И это понятно. Но остальным-то что делать?